1.使用充分透气的笼子
笼子对于室内训练是必须的。边境牧羊犬应有一个舒服的休息场所，但却不应终身被锁在笼子里。对于边牧的室内训练，2周的笼内限制自由，意味着终身可在屋内自由行动。在笼内喂食狗，然后在一个合理的时间内带边牧出去排便。之后又把它关回笼子，并给它玩具和毛毯，直到下一次排便时间到来。对于幼狗，这个时间不能超过2小时。成年狗，不能超过4个小时。
边牧不喜欢在它玩和睡觉的区域排便。笼子应该有足够的空间让狗站立和转身，但不能大到让它能蹲在边上排便。一旦边牧的室内训练完成，就可以让笼子的门开着，这将是它放松和休息的好地方。
2.报纸训练
如果你住公寓不能方便地带边牧到户外排便，那你就需要进行“报纸训练”。训练方法，在一个个相对封闭的空间，比如厨房或者卫生间的地上铺满报纸，当狗在报纸上排便后，换掉脏的报纸，几天后，拿走部分报纸，使地面的一部分裸露。如果狗在裸露的地面排便，温和的纠正它，然后把它放到报纸上，夸奖它。当它有一点在报纸上排便的概念后，逐渐取走越来越多的报纸，直到最后留下一小块你想让它排便的地方。
3.外出训练
尽可能多地带幼犬外出。小狗需要经常排便。特别是进食后15至20分钟。当它长大点，这个时间可能会变长。观察到排便的迹象比如轻声哀鸣，或者原地转圈，赶快把边牧抱到户外。当它在外面排便完后，立刻对它的行为夸奖，使用你喜欢的词(最好固定一个词)。然后再带它回去前陪它玩一会儿。边牧小狗就会逐渐明白，在户外排便能够赢得夸奖和在户外玩耍的机会。
